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4月1日Nature杂志中文摘要
(选自英国Nature杂志,2010年4月1日出版)

封面故事:人类基因组特刊
Cover caption
人类基因组序列的第一个工作草图是近10年前发布的,由比尔*克林顿和托尼*布莱尔于
2000年6月共同宣布。在此后十年的大部分时间,一般的人也许奇怪这一切都是为了什
么。但该技术一直都在发展,随着最近一系列全基因组关联研究重大成果的发表以及
“个人基因组”时代的到来,现在可以说是对这方面的研究工作进行盘点的一个好时
间。基因组序列(的问世)并没有使生命(显得)简单。过去人们以为,有了“人类生
物学蓝本”之后,各种要素便会突然之间各就各位。但正如Erika Check Hayden所报告
的那样,人们发现,生命的复杂程度之高让人敬畏(第664页)。促使人类基因组序列
草图在2000年、而不是在几年之后发布的是竞争(第668页)——在“Opinion”栏目
中,这场竞争背后主要推手中的两个人回顾了过去十年所取得的成就,并对今后的前景
进行了展望:Francis Collins(第674页)找出了今后应当吸取的5个关键教训;Craig
Venter(第676页)警告说,个人基因组时代的挑战是很大的,与当初基因组测序工作
这一壮举本身不相上下。在基因组项目上的投入之所以被认为是应该的,部分原因是人
们预期它会对医疗工作带来好处。但Robert Weinberg (第678页)指出,至少对癌症
临床工作来说,迄今还几乎没有多少好处显示出来。虽然好处将会出现,但他说,只有
当我们对传统科学方法、尤其是用于建立一种假设、然后再去验证该假设的科学方法加
以利用、来引导这些新技术的话,它们才会出现。另一方面,Todd Golub(第679页)
对不偏不倚的基因组普查方法能够给癌症治疗提供的新的推动作用感到欣慰,因为它们
并不是以传统方法为基础的。有关本期人们基因组方面的全部文章,请看 Editorial
(第649页)和网络登陆页。


宏观机械系统的量子控制(Quantum mechanics you can see)
Quantum ground state and single-phonon control of a mechanical resonator
量子力学荒诞的、经常是反直觉的预测已在原子尺度的光系统和电系统中被观察到,但
想演示量子力学同样也适用于一个机械系统、尤其是一个大到足以让裸眼能够看到的机
械系统的努力,却被证明具有挑战性。所存在的困难是,将一个机械系统冷却到其量子
基态(在该状态所有经典噪音都被消除了)。加州大学圣巴巴拉分校物理系一个研究小
组现已克服了这一障碍。利用传统低温致冷方法,他们将一个具有非常高的振荡频率的
机械振荡器冷却到了比绝对零度仅高1/40度。这个振荡器被称为“量子鼓”,它与一个
超导量子位耦合在一起,后者起一个量子温度计的作用,用来检测振荡器内是否还残留
任何激发。当确认已没有时,研究人员进一步发现,可以将单独一个量子激发(即一个
声子)引入这一系统中,并在振荡器和量子位之间交换很多次,从而朝着对一个机械系
统实现完全量子控制的方向迈出了最初的几步。(Article p. 697; News & Views)


大型CNV数据集及其应用(Major CNV datasets)
Origins and functional impact of copy number variation in the human genome /
Genome-wide association study of CNVs in 16,000 cases of eight common
diseases and 3,000 shared controls
版本数变异(CNV)是个体间基因变异的一种常见形式,由基因组重排引起,既可能是
遗传原因,也可能是由于新的突变。利用寡核苷酸嵌合微阵列(芯片)和HapMap样本进
行的一个大型合作研究项目,生成了人类基因组中11,700个 CNV的一个全面的工作图。
这些CNV中约有一半在具有不同血统的个体(欧洲人、非洲人或东亚人)中也体现在了
基因型中。研究人员识别出30个具有影响疾病易感性的CNV的位点。去年10月在网上发
布的这个巨大的数据集, 就其全面性和空间分辨率来说是一项地标式的成果,而且正
如John Armour在News & Views (go.nature.com/bUcVH3)文章中所说的那样,在今后多
年时间都可能是一个权威性资源(Article p. 704)。这个资源也是“Wellcome Trust
Case Control Consortium”一项新的全基因组关联研究的主要焦点,研究内容是常见
CNV与八种常见人类疾病之间的联系。除了为未来研究设计及分析提供丰富技术信息
外,这项研究还意味着,可以利用现有平台体现到基因型中的常见CNV,不大可能在常
见疾病的遗传基础中扮演一个主要角色。(Article p. 713)


在细胞分裂中发挥功能的基因(Cell division genes revealed)
Phenotypic profiling of the human genome by time-lapse microscopy reveals
cell division genes
Jan Ellenberg及其同事利用RNA干涉来将一个人类细胞系中大约21,000个蛋白编码基因
中的每个基因沉默,然后利用对活的、正在分裂的细胞进行高通过量时间延迟成像的方
法来记录结果。通过对每个基因至少6个时长为两天的影片进行计算机图像处理,来对
表现型进行量化打分。数百个基因被发现在有丝分裂和包括细胞存活及迁移在内的其他
细胞过程中发挥功能。该研究的整个数据集作为一个公共功能基因组资源发布在
www.mitocheck.org这个网站上(Article p. 721)。在新开设的News & View Forum栏
目中,Cecilia Cotta-Ramusino 和 Stephen Elledge评价了这个引人瞩目的数据集对
细胞生物学的贡献以及从未来全基因组筛选中获取有意义结论所面临的挑战。


一种新的抗锥虫药物(A new antitrypanosomal)
N-myristoyltransferase inhibitors as new leads to treat sleeping sickness
由“布氏锥虫”引起的非洲锥虫病或昏睡病每年造成约3万人死亡。现有少数几种治疗
方法往往要使用疗效差、并涉及安全问题的药物。N-十四酰转移酶(NMT)(这种酶能将
十四酸盐(或称肉豆蔻酸盐)加到很多真核蛋白和微生物蛋白的N-端氨基乙酸上)曾被
提出是治疗锥虫病和其他寄生虫病的药物的一个可能的作用目标——如果保护人类这种
酶所需的选择性可以实现的话。一项新的研究确认“布氏锥虫” NMT是抗锥虫药物的一
个切实可行的蛋白目标,并且一种具有药物类性质的强效抑制因子也被发现。该化合物
名为DDD85646,能在小鼠模型中杀死“布氏锥虫”。(Article p. 728; News &
Views)


遥远星系中恒星形成过程被观测到(Distant star formation)
Intense star formation within resolved compact regions in a galaxy at z = 2.
3
早期宇宙中巨大星系的位于红移值约为z = 2的各个恒星形成区域,即便是今天最大的
天文望远镜也是观测不到的。但在来自一个巨大居间星团所产生的引力透镜效应(该效
应可使图像亮度增加32倍,使其显得更大)的帮助下,在红移值为z = 2.3259处的亚毫
米星系SMMJ2135-0102中的强烈恒星形成已被观测到。结果显示,光度密度可以与近域
宇宙中巨大分子云的致密核的光度密度相比,这说明,(那里的)恒星形成的物理过程
与附近星系是相似的,尽管遥远星系中的那些区域总体上大约要大100倍,亮度也要高
107倍。(Letter p. 733)


触发“新仙女木事件”的洪水(Younger Dryas flood tracked)
Identification of Younger Dryas outburst flood path from Lake Agassiz to the
Arctic Ocean
我们目前的气候突变概念,受有关诸如“新仙女木事件”(Younger Dryas)等气候事
件的很有说服力的古气候证据的强烈影响,在这些事件中,气候的巨大变化基本上是即
刻发生的。人们一般认为,“劳伦太德冰盖”退缩产生的淡水注入改变了“大西洋经向
翻转环流”,触发了“新仙女木事件”,但迄今为止支持这一理论的令人信服的地质证
据却难以找到。现在,Julian Murton及其同事终于发现了一个在年代上与“新仙女木
事件”一致的主要洪水事件。在加拿大西北一个侵蚀表面之上所发现的砾石,与穿过麦
肯思河流入北冰洋的主要洪水路径是一致的,而不是与沿密西西比河向南或穿过五大湖
向东的路径一致。(Letter p. 740)


“弱阳吊诡” 气候悖论可能本不存在(The cool of the Sun)
No climate paradox under the faint early Sun
Carl Sagan 和 George Mullen 在1972年提出的有关早期或“年轻”太阳亮度较弱的悖
论(亦称“弱阳吊诡”)指出,太阳亮度在太古代约为其今天的70%,所以该理论认
为,当时的温度会太低,无法让液体海洋在地球上存在。然而,地质记录表明,当时的
液态水是存在的。这种现象通常被解释为因大气中高浓度二氧化碳和/或甲烷的存在造
成的温室效应所产生的后果。Minik Rosing等人提出,并不需要用温室效应变暖来解
释,也不存在气候悖论。他们证明,太古代沉积物的矿物构成与高温室气体浓度以及当
时“产烷生物”的代谢限制因素并不一致。他们假设,早期地球的低反照率(大陆上几
乎什么也没有),和在面积上占绝对优势的深色吸热海洋的存在,再加上生物诱导的云
冷凝核的缺失,足以将温度维持在冰点以上。(Letter p. 744; News & Views)


类人猿100万年前就在弗洛勒斯岛上生活(Early arrivals on Flores)
Hominins on Flores, Indonesia, by one million years ago
印尼弗洛勒斯岛上的类人猿活动可以追溯到至少80万年前,对位于Soa Basin中Mata
Menge的考古点(这个地方的考古结果是在位于西边的Liang Bua的“弗洛勒斯人”化石
被发现之前发表的) 通过“裂变径迹”法进行年代测定获得的证据证明了这一点。在
Soa Basin中另一地点进行的新的研究工作(关于这项工作的新闻报道,请登陆
go.nature.com/hTwkMW),利用更准确的40Ar/39Ar测年技术发现,类人猿100万年前就
在弗洛勒斯岛上生活。这个发现对认为类人猿的到来是造成一种巨龟和矮象大量死亡的
一个因素的观点提出了疑问,相反它们的大量死亡可能与自然过程有关。(Letter p.
748)


代谢率与身体质量的关系并不遵守指数定律(Making body size toe the line)
Curvature in metabolic scaling
一种生物的代谢率与其身体质量之间的关系,自Max Kleiber在1932年首次提出不同物
种代谢率随身体质量按3/4次方增加的观点以来,一直让生物学家着迷。这一“标度指
数”自那时以来被重新计算了很多次,其中有些人估计该指数接近2/3,而另一些人则
估计其接近 3/4。一项新的分析表明,这种关系在对数标度上并不遵从一条直线,所以
根本不遵守幂律(指数定律)。试图将一条直线应用于实际上是一条曲线的情形,会产
生高度依赖于所使用数据的“标度指数”。以小生物为主的数据集倾向于产生2/3的指
数,而以大生物为主的数据集则会产生3/4的指数。(Letter p. 753; News & Views)


“斑胸草雀”基因组已被测序(Genome for a song)
The genome of a songbird
“斑胸草雀”(一种鸣鸟,用于脊椎动物脑、行为和演化研究的一种模型)的基因组已
被测序。将其与鸡基因组(惟一另外一种已测序的鸟类基因组)所做比较表明,有神经
功能、参与叫声认知处理的基因在雀科这个分支中一直在快速演化。该研究还表明,声
音交流用到“斑胸草雀”脑转录组的大部分内容;并且还发现了与声音交流相关的微
RNA信号的一个潜在集成因子。(Letter p. 757)


精神分裂症的深层病因(Schizophrenia connections)
Impaired hippocampal–prefrontal synchrony in a genetic mouse model of
schizophrenia
“22q11.2微缺失(微删除)”是精神分裂症最可靠的已知遗传风险因素之一。相应染
色体区域有一处中断的小鼠会有工作记忆问题,这是精神分裂症 的一个特征。
Sigurdsson等人发现,这些小鼠前额皮质和海马神经元之间的同步激发也有中断,这种
同步激发是一个已被与学习和记忆联系在一起的现象,而且它在精神分裂症患者中也受
到破坏。这些发现表明,脑中这些区域之间沟通的破坏可能是精神分裂症发病的深层原
因,而试图修复这种破坏的工作可能会导致新疗法的问世。(Letter p. 763)






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NEWS AND VIEWS
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Cell biology forum: Genome-wide view of mitosis pp684-685
An exceptionally large-scale project aimed at assigning function to all 
protein-coding genes in the human genome is reported on page 721 by Neumann 
et al.. Here are two complementary views on the experimental design and 
analysis, and on how useful the findings will be to cell biologists.
Jason R. Swedlow, Cecilia Cotta-Ramusino and Stephen J. Elledge
doi:10.1038/464684a
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/464684a.html

Quantum mechanics: The surf is up pp685-686
Researchers have long wanted to be able to control macroscopic mechanical 
objects in their smallest possible state of motion. Success in achieving 
that goal heralds a new generation of quantum experiments.
Markus Aspelmeyer
doi:10.1038/464685a
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/464685a.html

Stem cells: Skin regeneration and repair pp686-687
Different types of stem cell maintain the skin's epidermis and contribute 
to its healing after damage. The identity of a stem-cell type that gives 
rise to different epidermal-cell lineages has just been revealed.
Cedric Blanpain
doi:10.1038/464686a
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/464686a.html

Early Earth: Faint young Sun redux pp687-689
Given that the Sun was dimmer in its youth, our planet should have been 
frozen over for much of its early history. That it evidently wasn't is a 
puzzle that continues to engage the attention of Earth scientists.
James F. Kasting
doi:10.1038/464687a
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/464687a.html

Drug discovery: Fat-free proteins kill parasites pp689-690
The addition of a fatty acid to certain proteins is vital for the survival 
of protozoa that cause sleeping sickness and of their mammalian hosts. 
Compounds that target this process in the protozoa are now reported.
George A. M. Cross
doi:10.1038/464689a
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/464689a.html

Physiology: There is no single p pp691-693
Why metabolic rates do not vary in direct proportion to body mass has 
long been the subject of debate. Progress has been made with the realization

that no universal scaling exponent can be applied to them.
Craig R. White
doi:10.1038/464691a
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/464691a.html

50 & 100 years ago p693
doi:10.1038/464693b
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/464693b.html

Exotic matter: Another dimension for anyons pp693-694
Non-Abelian anyons are hypothesized particles that, if found, could form 
the basis of a fault-tolerant quantum computer. The theoretical finding 
that they may turn up in three dimensions comes as a surprise.
Chetan Nayak
doi:10.1038/464693a
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/464693a.html

Astrophysics: Cosmic acceleration confirmed p694
Ana Lopes
doi:10.1038/464694a
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/464694a.html

Obituary: Joanne Simpson (1923-2010) p696
Meteorologist who brought the study of clouds to the forefront of Earth
science.
Robert A. Houze, Jr
doi:10.1038/464696a
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/464696a.html

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ARTICLES
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Quantum ground state and single-phonon control of a mechanical resonator
pp697-703
Quantum mechanics provides an accurate description of a wide variety of 
physical systems but it is very challenging to prove that it also applies 
to macroscopic (classical) mechanical systems. This is because it has been 
impossible to cool a mechanical mode to its quantum ground state, in which 
all classical noise is eliminated. Recently, various mechanical devices have

been cooled to a near-ground state, but this paper demonstrates the
milestone 
result of a piezoelectric resonator with a mechanical mode cooled to its 
quantum ground state.
A. D. O’Connell et al.
doi:10.1038/nature08967
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08967.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08967.html

Origins and functional impact of copy number variation in the human
genome
pp704-712
Much genetic variation among humans can be accounted for by structural DNA 
differences that are greater than 1 kilobase in size. Here, using tiling 
oligonucleotide arrays and HapMap samples, a map of 11,700 copy number 
variations (CNVs) bigger than 443 base pairs has been generated. About half 
of these CNVs were also genotyped in individuals of different ancestry. 
The results offer insight into the relative prevalence of mechanisms that 
generate CNVs, their evolution, and their contribution to complex genetic
diseases.
Donald F. Conrad et al.
doi:10.1038/nature08516
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08516.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08516.html

Genome-wide association study of CNVs in 16,000 cases of eight common
diseases 
and 3,000 shared controls pp713-720
Copy number variants (CNVs) account for a major proportion of human genetic 
diversity and may contribute to genetic susceptibility to disease. Here, a 
large, genome-wide study of association between common CNVs and eight common

human diseases is presented. The study provides a wealth of technical
insights 
that will inform future study design and analysis. The results also indicate

that common CNVs that can be 'typed' on existing platforms are unlikely to 
contribute much to the genetic basis of common diseases.
Nick Craddock et al.
doi:10.1038/nature08979
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08979.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08979.html

Phenotypic profiling of the human genome by time-lapse microscopy reveals
cell 
division genes pp721-727
High-throughput microscopy combined with gene silencing by RNA interference
is 
a powerful method for studying gene function. Here, a genome-wide method is 
presented for phenotypic screening of each of the [sim]21,000 human
protein-coding 
genes, using two-day imaging of dividing cells with fluorescently labelled 
chromosomes. The method enabled the identification of hundreds of genes
involved 
in biological functions such as cell division, migration and survival.
Beate Neumann et al.
doi:10.1038/nature08869
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08869.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08869.html

N-myristoyltransferase inhibitors as new leads to treat sleeping
sickness
pp728-732
African sleeping sickness, caused by Trypanosoma brucei species, is
responsible 
for some 30,000 human deaths each year. Available treatments are limited by
poor 
efficacy and safety profiles. However, a new molecular target for potential 
treatments has now been identified. The protein target is T.
bruceiN-myristoyltransferase. 
In further experiments, lead compounds have been discovered that inhibit 
this protein, kill trypanosomes in vitro and in vivo, and can cure
trypanosomiasis in mice.
Julie A. Frearson et al.
doi:10.1038/nature08893
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08893.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08893.html

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LETTERS
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Intense star formation within resolved compact regions in a galaxy at z =
2.3
pp733-736
Massive galaxies in the early Universe have been shown to be forming stars
at 
high rates. Probing the properties of individual star-forming regions is
beyond 
the resolution and sensitivity of existing telescopes. Here, however,
observations 
are reported of the galaxy SMMJ2135-0102 at redshift z=2.3259, which has
been 
gravitationally magnified by a factor of 32 by a galaxy cluster lens in the 
foreground. The physics underlying star formation here is similar to that in

local galaxies, but the energetics are very different.
A. M. Swinbank et al.
doi:10.1038/nature08880
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08880.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08880.html

Generation of electron beams carrying orbital angular momentum pp737-739
Light beams can be engineered to carry orbital angular momentum, with 
application as, for instance, optical 'spanners' - essentially a 
'twisted' variant of the more familiar optical tweezers. Here it is shown 
that it is, in principle, possible to engineer similar behaviour into an 
electron beam. Such a beam could find use in a variety of spectroscopy and 
microscopy techniques.
Masaya Uchida and Akira Tonomura
doi:10.1038/nature08904
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08904.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08904.html

Identification of Younger Dryas outburst flood path from Lake Agassiz to 
the Arctic Ocean pp740-743
Our current concepts of abrupt climate change are influenced by
palaeoclimate 
evidence for events such as the Younger Dryas cold interval, in which
massive 
climate changes occurred essentially instantaneously. It is thought that an 
injection of fresh water from the retreating Laurentide Ice Sheet altered
the 
Atlantic meridional overturning circulation and triggered the Younger Dryas,

but convincing geological evidence has been elusive. Here, a major flood
event 
that is chronologically consistent with the Younger Dryas has been 
identified-through the MacKenzie River into the Arctic Ocean.
Julian B. Murton et al.
doi:10.1038/nature08954
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08954.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08954.html

No climate paradox under the faint early Sun pp744-747
It has been inferred that, during the Archaean eon, there must have been a 
high concentration of atmospheric CO2 and/or CH4, causing a greenhouse
effect 
that would have compensated for the lower solar luminosity at the time and 
allowed liquid water to be stable in the hydrosphere. Here it is shown,
however, 
that the mineralogy of Archaean sediments is inconsistent with such high 
concentrations of greenhouse gases. Instead it is proposed that a lower 
albedo on the Earth helped to moderate surface temperature.
Minik T. Rosing, Dennis K. Bird, Norman H. Sleep and Christian J. Bjerrum
doi:10.1038/nature08955
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08955.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08955.html

Hominins on Flores, Indonesia, by one million years ago pp748-752
Evidence for hominin activity on Flores, Indonesia, has been thought to go 
back at least 800,000 years, as shown by fission-track dating at Mata Menge
in 
the Soa Basin. However, new research at another locality in the Soa Basin
uses 
the more accurate technique of 40Ar/39Ar dating to show that hominins were 
living on Flores at least a million years ago.
Adam Brumm et al.
doi:10.1038/nature08844
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08844.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08844.html

Curvature in metabolic scaling pp753-756
It has been thought that the basal metabolic rate of organisms increases as
body 
mass is raised to some power, p. But the value of p has proved
controversial, 
with both 2/3 and 3/4 being proposed. It is found here that the relationship

between mass and metabolic rate does not follow a pure power law at all, and

requires a quadratic term to account for curvature. Taking temperature and 
phylogeny into account, this explains why different data sets have produced 
different exponents when a power law has been fitted.
Tom Kolokotrones,  Van Savage, Eric J. Deeds and Walter Fontana
doi:10.1038/nature08920
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08920.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08920.html

The genome of a songbird pp757-762
The genome of the zebra finch - a songbird and a model for studying the 
vertebrate brain, behaviour and evolution - has been sequenced. Comparison 
with the chicken genome, the only other bird genome available, shows that 
genes that have neural function and are implicated in the cognitive
processing 
of song have been evolving rapidly in the finch lineage. Moreover, vocal 
communication engages much of the transcriptome of the zebra finch brain.
Wesley C. Warren et al.
doi:10.1038/nature08819
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08819.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08819.html

Impaired hippocampal-prefrontal synchrony in a genetic mouse model of 
schizophrenia pp763-767
A deletion on human chromosome 22 (22q11.2) is one of the largest genetic 
risk factors for schizophrenia. Mice with a corresponding deletion have 
problems with working memory, one feature of schizophrenia. It is now found 
that these mice also show disruptions in synchronous firing between neurons 
of the prefrontal cortex and of the hippocampus, an electrophysiological 
phenomenon that has been linked to learning and memory and which is also 
thought to be disrupted in schizophrenia patients.
Torfi Sigurdsson et al.
doi:10.1038/nature08855
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08855.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08855.html

Understanding mechanisms underlying human gene expression variation with RNA

sequencing pp768-772
There is much interest in understanding the genetic mechanisms that underlie

individual variations in gene expression. Here, RNA sequencing has been used

to study gene expression in lymphoblastoid cell lines derived from Nigerian 
individuals for whom extensive genotype information is known. Numerous
genetic 
determinants of variation in gene expression were identified, including 
variation in transcription, splicing and allele-specific expression.
Joseph K. Pickrell et al.
doi:10.1038/nature08872
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08872.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08872.html

Transcriptome genetics using second generation sequencing in a Caucasian 
population pp773-777
Here, sequencing has been used to characterize the mRNA fraction of the 
transcriptome in Caucasian individuals, to provide a fine-scale view of 
transcriptomes and to identify genetic variants that affect alternative 
splicing. Measuring allele-specific expression identified rare expression 
quantitative trait loci (eQTLs) and allelic differences in transcript 
structure, revealing new properties of genetic effects on the transcriptome.
Stephen B. Montgomery et al.
doi:10.1038/nature08903
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08903.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08903.html

Identification of two evolutionarily conserved genes regulating processing
of 
engulfed apoptotic cells pp778-782
In multicellular organisms, apoptotic cells are removed from tissues by 
phagocytes, which recognize and engulf the dying cells. The molecular 
mechanisms underlying the subsequent degradation of the cells have been 
unclear. Here, two evolutionarily conserved genes have been identified that 
are required for such processing in Caenorhabditis elegans and mammals. An 
understanding of these events could lead to new treatments for diseases 
associated with poor engulfment and destruction of dying cells.
Jason M. Kinchen and Kodi S. Ravichandran
doi:10.1038/nature08853
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08853.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08853.html

Spatial control of EGF receptor activation by reversible dimerization on 
living cells pp783-787
Signalling through the epidermal growth factor receptor (EGFR) is preceded 
by its dimerization, which has typically been thought to occur through a 
ligand-induced conformational change. Here, the dimerization dynamics of 
individual EGFR molecules have been determined in living cells in real time,

using a quantum-dot-based approach. Unliganded EGFR molecules undergo 
spontaneous and reversible dimerization; these pre-formed dimers are 
primed for ligand binding and signalling and are enriched at the cell
periphery.
Inhee Chung et al.
doi:10.1038/nature08827
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08827.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08827.html

NINJA connects the co-repressor TOPLESS to jasmonate signalling pp788-791
In plants, the hormone jasmonoyl-isoleucine (JA-Ile) regulates growth, 
development and defence against pathogens. Proteins of the JAZ family 
repress JA-Ile-dependent gene expression, but the mechanism has been 
unclear. Here, an adaptor protein, NINJA, has been identified, which r
ecruits co-repressor proteins that are known to mediate auxin-responsive 
gene expression as well. Hence these co-repressors are part of general 
repression complexes that are recruited to several different signalling
pathways.
Laurens Pauwels et al.
doi:10.1038/nature08854
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08854.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08854.html

Phosphorylation of histone H3T6 by PKC[bgr]I controls demethylation at 
histone H3K4 pp792-796
The amino-terminal tails of histone proteins are subject to a variety of 
post-translational modifications; addition or removal of these 'marks' 
facilitates gene activation or silencing. Here, a mechanism is defined that 
modulates the activity of the dual-specificity histone demethylase LSD1 
during androgen-dependent transcription. Androgen-dependent signalling 
through protein kinase C beta I leads to phosphorylation of a histone 
amino acid, which prevents demethylation of an adjacent amino acid by LSD1.
Eric Metzger et al.
doi:10.1038/nature08839
Abstract:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/abs/nature08839.html
Article:
http://www.nature.com/nature/journal/v464/n7289/full/nature08839.html


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