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拟南芥基因组中新的microRNA预测及分析
       MicroRNA(miRNA) 是一类存在于动植物体内,长度为21~25nt的内源性小RNA,对生物体的转录后基因调控起着关键作用,但一些低丰度的miRNA和组织特异性 miRNA往往很难发现.为了系统识别拟南芥基因组中新的非同源miRNA,首先基于已报道的拟南芥miRNA的特征,从全基因组范围中筛选出453条可 能的miRNA前体:其次,为了进一步对上述miRNA前体进行筛选,利用人的miRNA前体数据构建了支持向量机模型GenomicSVM,该模型对人 测试集的敏感性和特异性分别为86.3﹪和98.1﹪(30个人miRNA前体和1 000个阴性miRNA前体),对拟南芥测试集的正确率为93.6﹪(78个miRNA前体);最后,利用GenomicSVM预测上述453条 miRNA前体序列,得到了37条候选的新的拟南芥miRNA前体,为进一步的miRNA实验发现研究提供了指导.
 
责任编辑:nina
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    摘要
    MicroRNA(miRNA) 是一类存在于动植物体内,长度为21~25nt的内源性小RNA,对生物体的转录后基因调控起着关键作用。
    关键字
    拟南芥,microRNA
     
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